是的，在將Java應用程序打包成exe文件時，通常需要包含Java運行時環境(JRE)。這是因為Java程序需要在Java虛擬機(JVM)上運行，JRE提供了JVM和Java核心類庫，用于支持基本的Java程序執行。

首先讓我們了解一下幾個基本概念：

Java虛擬機（JVM）：運行Java程序所需的抽象計算機。它載入字節碼文件（.class文件）并將其執行。

Java運行時環境（JRE）：包含了Java虛擬機、Java核心類庫和一些其他文件，提供了運行Java程序所需的基本環境。

Java開發工具包（JDK）：包含了一套用于開發Java應用程序的工具、編譯器、調試器等。JDK包含JRE。

打包Java應用程序為exe文件的主要原因之一是使程序能夠在沒有安裝Java的計算機上運行。要實現這一點，通常有兩種方法：

1. 靜態捆綁JRE：通過將JRE與exe文件一起打包，使得Java程序可以在無需額外安裝JRE的情況下運行。這樣做的優點是便攜性，因為用戶不需要安裝Java。然而，這會導致文件尺寸較大，因為JRE本身較大。

2. 使用系統中安裝的JRE：在這種方法中，exe文件可以使用計算機上已經安裝的JRE來運行Java程序。優點是文件尺寸較小，而且不需要將JRE捆綁到_exe文件中。然而，這要求用戶在他們的計算機上安裝Java。

打包Java應用程序為exe文件的一些工具如下：

1. Launch4j：一個跨平臺的Java應用程序打包工具，允許將JAR文件與JRE捆綁在一起，生成exe文件。

2. JSmooth：一個簡單易用的Java程序打包工具，如何將exe打包為安裝程序可以將JAR文件打包為exe文件，并允許使用嵌入式或系統中安裝的JRE。

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. exe4j：一個用于創建Windows上的Java應用程序exe文件的工具，允許將Java程序與JRE捆綁在一起。

總的來說，Java應用程序打包為exe文件時確實需要考慮到JRE的問題。兩種常見方法都可以實現這一目標，選擇靜態捆綁JRE以jb9生成exe文件提高便攜性，或者依賴系統中安裝的JRE以減小文件尺寸。