APK文件是Android應用程序的包文件，其中包含了應用的代碼、資源和證書簽名等信息。在進行APK修改時，可能會涉及改動應用的代碼、資源或者替換某些文件，因此可能會破壞原有的簽名。

APK簽名是用于驗證APK文件的完整性和來源的機制。當用戶下載和安裝APK文件時，系統會首先檢查APK簽名，如果簽名有效，則說明這個文件是由開發者簽名并且未被篡改過的。如果簽名無效或者缺失，則會提示用戶可能存在風險，并拒絕安裝。

APK簽名的原理是：開發者使用私鑰對APK文件的部分哈希值進行加密生成數字簽名，并將這個簽名放入APK文件中。當安裝APK文件時，系統會使用與開發者公鑰相對應的公鑰解密簽名，再對APK文件進行哈希計算，并與解密得到的簽名哈希值

進行比對，從而驗證APK文件的完整性和來源。

當進行APK修改時，一旦涉及到對APK文件內容的任何改動，包括代碼、資源或安卓系統如何驗證app簽名其他文件的替換，都會導致APK的哈希值發生變化，從而破壞原有的簽名。因為簽名是基于整個APK文件計算哈希值的，只要APK文件的內容發生變化，簽名的驗證就會失敗。

在實際操作安卓如何設置簽名中，如果需要對APK進行修改，為了保持簽名的有效性，可以使用一種叫做“重簽名”（Re-Sign）的方法。重簽名的過程是：將原APK文件的簽名移除，然后對修改后的APK文件重新進行簽名操作。這樣，新生成的簽名會基于修改后的APK文件進行計算，保證了APK的完整性和來源。

重簽名一般需要使用開發者的私鑰和相應的工具來完成，確保新的簽名和原有簽名的證書信息（包括簽名算法、簽名者等）一致。在重簽名過程中，開發者需要確保私鑰的安全，并避免私鑰泄露，因為私鑰的泄露可能會導致惡意人員對應用進行篡改并重新簽名，從而偽裝成開發者。

需要注意的是，對APK進行修改和重簽名可能涉及法律風險和違反開發者許可協議的問題，請在合法和合規的前提下進行相關操作。

總之，APK文件的簽名是用于驗證應用的完整性和來源的重要機制，進行APK修改可能會破壞原有的簽名。在進行APK修改時，可以使用重簽名方法，重新生成簽名，以確保應用的完整性和來源的可信度。